Здравствуйте.
Цитата: физические лица оплачивают за товар на расчетный счет, при поступлении денег мы пробиваем чеки по безналу.
Верно (ст. 1.2 54-ФЗ; Приказ ФНС РФ от 21.03.2017 N ММВ-7-20/229@, Приложение 2, таб. 4)
Цитата: что чеки в ОФД отражаются с суммой покупки,что, по моему мнению, может привести к задвоению налогооблагаемых доходов.
Нет, не может. Сумма по чеку ККТ (она же сумма в ОФД) идентична сумме поступления на р\с от физического лица.
Цитата: Не должны ли такие чеки отражаться в ОФД с нулевыми суммами?
Не должны, поскольку осуществляется
расчет, а он нулевым быть не может
Цитата: расчеты- прием (получение) и выплата денежных средств наличными деньгамии (или) в безналичном порядкеза товары, работы, услуги, прием ставок, интерактивных ставок и выплата денежных средств в виде выигрыша при осуществлении деятельности по организации и проведению азартных игр, выдача (получение) обменных знаков игорного заведения и выдача (получение) денежных средств в обмен на предъявленные обменные знаки игорного заведения, а также прием денежных средств при реализации лотерейных билетов, электронных лотерейных билетов, приеме лотерейных ставок и выплате денежных средств в виде выигрыша при осуществлении деятельности по организации и проведению лотерей. В целях настоящего Федерального закона под расчетами понимаются также прием (получение) и выплата денежных средств в виде предварительной оплаты и (или) авансов, зачет и возврат предварительной оплаты и (или) авансов, предоставление и погашение займов для оплаты товаров, работ, услуг (включая осуществление ломбардами кредитования граждан под залог принадлежащих гражданам вещей и деятельности по хранению вещей) либо предоставление или получение иного встречного предоставления за товары, работы, услуги; (в ред. Федеральных законов от 03.07.2018 N 192-ФЗ, от 01.10.2020 N 313-ФЗ)
Вы всё делаете верно, никаких вопросов к вам не будет.